La Filière a été reconnue en 1993, comme filière agroalimentaire, par le ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec, à la suite du Sommet sur l’agriculture québécoise qui a eu lieu en juin 1992. En septembre 1994, les représentants du secteur ont déposé un document d’orientation dont les actions ont été réalisées au cours des années suivantes.
Une nouvelle démarche de planification stratégique a été entreprise en 2003. À la suite de consultations de représentants des différents maillons du secteur, la Filière s’est doté d’un deuxième plan stratégique pour la période de 2004-2009. Ce nouveau plan a permis au secteur d’avoir une meilleure vision globale de son développement et une plus grande cohésion dans ses actions.